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1、無法取得房屋使用權：《中華人民共和國合同法》第五十八條規(guī)定，“合同無效或者被撤銷后，因該合同取得的財產，應當予以返還。”違法小產權房的建設、銷售者不具備房屋建設、銷售資格，沒有在政府部門登記備案。現(xiàn)實中因小產權房一房兩賣、房屋爛尾、買賣合同無效等情況，導致大量購房者無法取得房屋占有使用權，在合同無效情況下也無法獲得法律支持。
2、不能辦理房產證：國土資源部、財政部、農業(yè)部聯(lián)合下發(fā)的《關于加快推進農村集體土地確權登記發(fā)證工作的通知》（國土資發(fā)〔2011〕60號）第十條規(guī)定，對于借戶籍管理制度改革或者擅自通過“村改居”等方式非經法定征收程序將農民集體所有土地轉為國有土地、農村集體經濟組織非法出讓或出租集體土地用于非農業(yè)建設、城鎮(zhèn)居民在農村購置宅基地、農民住宅或“小產權房”等違法用地，不得登記發(fā)證。
3、不能上市交易：小產權房不是商品房，即使是合法的小產權房目前也沒有完全放開流轉，不能上市交易，無法辦理抵押貸款，無法對抗國家的征地和拆遷，購房者很難得到補償。即使將來可以上市交易，也會采取類似經濟適用房上市交易的規(guī)則，向國家補繳土地出讓金等費用，這樣小產權房的價格優(yōu)勢就并不突出了。
4、沒有質量保證：目前，絕大多數(shù)的違法小產權房在建造時，無規(guī)劃許可、無土地使用證、無建筑施工許可，也沒有施工監(jiān)理、竣工驗收，是沒有任何質量保證的違法建筑。很多小產權房在實際使用中出現(xiàn)墻體裂縫、房屋漏水、隔音效果差等質量問題，更無法達到防風、抗震、防水、消防的建筑規(guī)范和標準。一旦發(fā)生房屋質量糾紛，甚至變成危房或房屋倒塌，購房者想維權都找不到對象，只能自行承擔損失。
5、可能被強制拆除或沒收：《中華人民共和國城鄉(xiāng)規(guī)劃法》第六十四條規(guī)定，“未取得建設工程規(guī)劃許可證或者未按照建設工程規(guī)劃許可證的規(guī)定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉(xiāng)規(guī)劃主管部門責令停止建設；無法采取改正措施消除影響的，限期拆除，不能拆除的，沒收實物或者違法收入，可以并處建設工程造價百分之十以下的罰款。”一旦違法小產權房被依法強制拆除或者沒收，購房者將無法獲得任何補償，面臨血本無歸的巨大風險。例如：2012年6月至2013年11月，北京共清理認定83個“小產權房”項目，涉及土地面積5000畝，總建筑面積約381萬平方米，其中，7個小產權房項目已全部拆除，8名違法當事人移送公安機關處理；2013年12月28日，廣州市以爆破方式強制拆除花都區(qū)新華街鐘村經濟合作社內的18層高的花季公寓，拆除面積超過2萬平方米。
